蛋白质分离器是海水缸器材的心脏，了解蛋白质分离器的工作原理也就显得至关重要。我们可以简单的将蛋白质分离器的工作原理总结为：打泡沫，又因为打泡是制造泡沫的一个不错的办法，所以也有人将蛋白质分离器称为“泡泡机”。

蛋白质分离器工作原理详细来讲就是蛋白质分离器运作过程中产生大量小泡泡，泡泡的表面有带电荷的离子在上升过程中可以带走水中的蛋白质。因为泡沫形态的表面张力比较大，蛋白质分离器是有效地利用气泡的表面张力来分离水中的蛋白质，并将蛋白质挤出。泡沫的粘度将随着表面的增强、扩大，以及气泡的逐渐消失而改变。

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